弗朗什－孔泰大学有五个校区分布在贝桑松、贝尔福、蒙波利亚尔、维祖尔、隆勒索涅五个城市和周边区域。弗朗什－孔泰大学学校专业设置齐全，师资力量雄厚，设有6个学院（语言、人类与社会科学；法律、经济、政治与管理学；科学与技术；医学与药学科学；体育运动科学与技术；工业科学、技术与管理）、2所大学技术学院（IUT）、1所高等工程师学院（ISIFC）和1个名声卓著、每年接待3000多学生的应用语言学习中心（CLA）。弗朗什－孔泰大学学校的42个受资质认可的研究团队与欧洲和世界各国的许多大学保持关系，在全世界拥有500多个合作伙伴，其中许多为美国、俄罗斯或日本的名牌大学。弗朗什-孔泰大学在力学和微技术等方面集中了一些受国际公认的实验室和研究所，并擅长于最现代化的技术发展。