1880年（明治13年）‎医生藤田正方（教育、文化、体育、科学和技术部官员前丸冈先生）在Kamezawa-乔（现为Suma-ta-库）的大学前身东京药铺学校成立。‎1883年（明治16年）‎校舍迁至神田区岩本町（现千代田区）。 更名为东京制药学校‎。1886年（明治19年）‎由大川弘治等人在神田区美土代町（现千代田区）开设药学讲习所（另一所大学的前身）。1888年（明治21年）‎东京药学学校与药学讲习所合并，成立私立药学学校‎‎下山俊一郎出任第一任校长（11月6日日本学创立纪念日）。1889年（明治22年）‎校舍迁至下谷区西町（现台东区）‎。1897年（明治30年）‎下谷区上野樱木町（现台东区）新建校舍搬迁‎。1900年（明治33年）‎学校名称再次更名为（私立）东京药学学校。‎1917年（大正6年）‎根据职业学校法令成立东京药学专门学校。 东京药学院成立（私立药学专门学校第1号）‎。丹巴·基佐被任命为第一任校长。1920年（大正9年）教育、文化、体育、科学和技术部第118号公告，大正9年后的东京药学专科学校毕业生有‎。‎"改造计划、实验设备、机械标本的维护、充实、增加、教师补偿"通知，作为无考试药剂师执照的附带条件。‎‎1928年（昭和3年）‎在丰多摩郡柏桥町柏木（现新宿区）新建校舍搬迁‎。1929年（昭和4年）‎上野女子药学学校（大学女生的前身）在上野樱木镇的旧校舍成立‎‎，池口庆三被任命为第一任校长。1931年（昭和6年） ‎上野女子药学学校更名为东京药学专门学校女子部。‎1949年（昭和24年） ‎根据《学校教育法》成立东京药学大学，同时设立东京药学学院和东京药学学院女子系。‎1951年（昭和26年） ‎根据《私立学校法》批准成立东京药科大学‎。1963年（昭和38年） ‎药学研究生院药学硕士课程成立。‎1964年（昭和39年） ‎药学院药学系成立，药学院药学系成立。‎1965年（昭和40年） ‎药学研究生院药学博士课程成立，药学院卫生与药物系成立。‎1976年（昭和51年）八王子校区全校搬迁‎设立专业医疗药学专业（一年制）‎。东京药科大学‎河口校区（现为）‎1980年（昭和55年） ‎成立100周年‎。1981年（昭和56年） ‎药学研究生院医学药学硕士课程成立。‎1982年（昭和57年） ‎随着医学药学硕士课程的设立，该系（医学药学专业）被撤销。‎1994年（平成6年）‎ ‎生命科学学院（分子生命科学系，环境生命科学系）成立（日本第一生命科学学院）‎研究3号楼（生命科学学院研究大楼）竣工。‎1996年（平成8年）‎ ‎医疗药学研究大楼竣工‎。1997年（平成9年）‎ ‎药物研发中心竣工，新部室大楼竣工‎。1998年（平成10年） ‎生命科学研究生院生命科学系硕士课程成立。‎1999年（平成11年） ‎完成信息中心的多媒体化建设‎佐藤幸吉纪念药学部捐赠讲座"一般用药学"开课‎。2000年（平成12年） ‎生命科学研究生院生命科学系博士课程成立‎

‎120周年‎。2001年（平成13年） ‎教育4号楼（信息处理教育设施）竣工‎。‎2004年（平成16年）‎ 成立‎药学院新三个系（医学药学系、药物发现系、生命药学系）‎。2006年（平成18年） ‎根据《学校教育法》和《药剂师法》的修订，将药学‎系过渡到六年制，设立了医学药学系、医疗药物系和医疗卫生药学系。‎2007年（平成19年） ‎生命科学学院环境与生命科学系更名为环境基因组系‎大学标准协会"相互评估和认证评估"认证‎2008年（平成20年）生命科学学院引进2个系4个课程（生物医学、分子生物学、生态基因组学、环境前沿化学）制度，教育5号楼（药学实践实习教育中心）竣工‎‎，千代田卫星校区成立（东京瑞信医院）‎‎药学实践培训中心‎2010年（平成22年） ‎药学研究生院药学硕士课程成立，‎学生会馆竣工‎

‎130周年‎。2011年（平成23年） ‎研究4号楼（130周年馆）竣工‎2012年（平成24年） ‎药学研究生院药学博士课程（4年制）成立‎东京药科大学社会医学研究所‎2013年（平成25年） ‎生命科学学院生物医学系成立，过渡到三个系（分子生命科学系、应用生命科学系、生命科学系）‎。2014年（平成26年） ‎第二届大学标准协会"大学评估（认证评估）"认证‎。