伯尔尼大学创建历史可以追溯到十六世纪早期建立的神学院，当时建校的目的是为宗教改革培养清教徒牧师。学校在建校时拥有3位教授，到十七世纪末拥有6位教授。到十八世纪学校在人文和神学领域一直处于统治地位。在启蒙运动开始之初，建立起了法学和数学教育。1805年伯尔尼政府改革整个高等教育体系，学校从原先的神学院扩展为拥有四个系的大学院，至此学校不仅培养牧师同时为社会输送律师和医师(包括内科学和兽医学)，其中哲学系(包括人文和自然科学)为其他三个系*基础教育。

　　1834：大学建立

　　1831年伯尔尼的贵族让位于自由党人，新政府忠诚地满足了*社会公共服务的需求同时通过将原来的大学院转变成一所德国模式的伯尔尼大学来培养社会精英。1834年在教育总长卡尔诺伊豪斯(Karl Neuhaus)的提议下伯尔尼大学正式建立，同时通过的大学法为大学的教学和研究引入了*自由，教授数量也从29名增加到45名。1885年学生数量超过500名，十九世纪末随着外国学生的涌入学生数量超过1000名。在1868和1870年期间来自俄国的女生增加了学校的女生数量。安娜图马金(Anna Tumarkin)于1898年在伯尔尼大学获得大学授课资格(Habilitation)，成为欧洲 位拥有博士头衔和大学授课资格的女教授。之前的神学院和大学院坐落于伯尔尼的巴修色修道院(Barfüsser Monastery)，1678到1684年修道院被改建成一座巴洛克风格的建筑，在十九世纪晚期伯尔尼大学的自然科学学院离开了市中心的修道院搬入自己的大楼。1903年坐落于格劳森商策(Grossen Schanze)的伯尔尼大学主楼落成。 1900年后：新的学院，研究所和系科的建立

　　世纪之交的伯尔尼大学，学院和系所都得到了增加。1874年建立的基督天主教神学学院被视为国家建立独立于罗马教皇的国教的基础。兽医学学院与1868年从伯尔尼大学分离出去，于1900年作为伯尔尼大学的一个学院重新得到回归。哲学学院的两个专业方向在十九世纪逐渐分离，1921年哲学学院正式分为哲学历史学学院和哲学自然科学学院。原来位于法学院的经济学声名鹊起，1912年成为法学院的一个独立部门，1954年原法学院更名为法学和经济学学院。 1945年后：扩张和改革

　　到二战结束，经过了一段时期的扩张使伯尔尼大学在经济和文化领域中获得了广泛的赞誉。五十年代到六十年代，国家对人才储备和教育部门在*和科技领域的扩张的需求显著增加。到1956年伯尔尼大学拥有教授250位，学生2122名，随后伯尔尼大学进入高速发展时期。伴随着发展，伯尔尼大学在空间上也得到扩张。为了获得更大的空间，人文学院从大学主楼搬出，并对瑞士*的陶伯乐(Tobler)巧克力工厂原址进行改造，改造后的建筑在国内外获得了极高的评价，这一建筑成为了伯尔尼大学的人文与社会学学院所在地。