日托米尔军事学院设院长、副院长，实行院务委员会领导体制。院务委员会由院长、政委、相关专业的教授、总设计师以及若干名学员组成。院长的职责是领导全院的工作，并直接领导教学科研工作；政委负责政治理论教育、培养学员的政治思想品质和作风；教学工作由院长助理负责；科研工作由科技委员会领导。院下设6个系和一些专业，每个系设有主任。

日托米尔军事学院的任务是：对部队、机关和群众性的领导干部，进行继续深造和再培训，不断推广和采用新的科技成果，为部队、机关和群众性的领导骨干提供高质量的军事理论和技术知识。