巴拿马大学由马德里哈莫迪奥·阿里亚斯总统令于 1935 年 5 月 29 日创建。它于同年 10 月 7 日落成，第二天开始上课，招收了 175 名学生，从事教育、商业、自然科学、药学、工程预科和法律。 大学开始在国家学院的一个展馆中上夜班。在总统 Enrique A. Jiménez 的管理下，政府在 El Cangrejo 社区购买了大约 60 公顷土地，专门用于建设大学校园和“Melchor Lasso De La Vega”工艺美术学院。 大学的第一块石头于 1947 年 10 月 2 日奠基，10 月 9 日，Enrique A. Jiménez 校长和巴拿马大学第一任校长 Octavio Méndez Pereira 决定将纪念碑从塞万提斯广场移到塞万提斯广场。 然后是波拉斯广场，到新校区，旁边是图书馆和行政大楼。 举行了校园总体规划竞赛，Ricardo J. Bermúdez、Octavio Méndez Guardia 和 Guillermo De Roux 的建筑公司赢得了同样的冠军，并设计了第一座建筑。这些作品由工程与建筑学院院长、工程师 Alberto De Saint Malo 指导。工程于 1948 年 1 月开始，并于 1950 年 5 月 29 日从前四栋建筑开始上课：行政与图书馆、人文、工程与建筑和科学实验室。 在共和国成立五十周年之际，校长 Octavio Méndez Pereira 于 1953 年 11 月 1 日正式为校园揭幕。 人行道、檐篷和建筑物的建设工作继续进行，到 1960 年已经有 11 座额外的建筑物，包括用于生物化学、药房和公共行政和商业的建筑物。在接下来的十年，1960-1970 年，校园获得了 15 栋建筑，包括牙科和法律，并在托库门建立了农业研究实验中心。 在 1970-1980 十年间，建造了 17 座建筑物（生物学、专业分析实验室、建筑、工程、另一座人文学科、西蒙玻利瓦尔美洲图书馆和学生设施），并购买了 DEXA 和 Channel Once 建筑物。1979 年底，巴拿马大学接收了科隆彩虹城市高中的设施，科隆地区大学中心在此开始运作。1972 年，教育部和 AID 签署了一项贷款，用于建设 Chiriquí 和 Veraguas 的第一个地区大学中心。在接下来的十年中，Azuero 和 Coclé 区域中心以及 Chiriquí 的农业科学学院以及 Veraguas 和 Chiriquí 的区域大学中心的几座大楼建成。 在 1990 年至 2000 年的十年间，在校园内建造了巴拿马 Oeste 区域中心和 4 座研究大楼。1999 年，跨洋区域管理局将 Curundu 高中、今天的 Harmodio Arias 马德里大学校园和 Corozal 兽医医院的设施转移到巴拿马大学。在此期间，校园增加了 19 座建筑的基础设施，包括购买了 COIF、Hispania Noriega 和 Fundación Universidad de Panamá 的建筑。在此期间，博卡斯德尔托罗地区大学中心、Chepo 和 Darién 的教育扩展以及阿苏埃罗和科克莱的大众大学（今天的劳动大运会和第三时代）建成。