东南欧大学成立于2001年10月,是巴尔干大学网络的成员,也是欧洲大学协会的准成员。东南欧大学是根据国际捐助者、马其顿共和国政府和当地学术界之间的协议建立的一个得到承认和认可的自治高等教育机构。
东南欧大学是一个统一的大学,有五个系,分别是社会经济学科、商业和经济、公共行政和政治学、法律、当代科学和技术、语言、文化和传播等方面的本科和研究生课程。所提供的所有课程都是单元式的,并遵循欧洲学分转移制度的模式,符合《博洛尼亚协定》,使学生能够灵活地进行专业培训或参加基础更广泛的课程;从广泛的国际/欧洲角度来看,东南欧大学文凭得到了承认。