伊斯兰堡国际伊斯兰大学奠基于1980年11月11日（伊斯兰历15世纪的第一天）。巴基斯坦国际伊斯兰大学虽然是一所伊斯兰大学，但它的学制仍受英国教育模式的影响。自1985年重新命名后，巴基斯坦国际伊斯兰大学便采用西方的学分制，并沿用伊斯兰教“有教无类、学术自由”的制度。入学的学生除了学完所选的专业课程外，还要必修大学规定的公共课。大学的学位参照欧美国家高等教育惯例，实行学位制，根据不同学科的学分，最低学位是学士学位，此外获得学士学位的学生还可以申请硕士和博士学位，该校学位被世界各国教育部门承认。

 

该校为综合性大学，下设14个学院和研究机构：国际伊斯兰经济学院，伊斯兰教宗教学院，伊斯兰教法与法律学院，社会科学学院，基础应用科学学院，机械工程学院，语言与文学学院，阿拉伯语学院，管理科学学院等。学校教师既有巴基斯坦学者，也有聘请自其他国家的各学科专家。大学使用英语、阿拉伯语两种语言教学，要求教师和学生必须掌握这三种语言中的其中一种。大学学制有全日制本科、专科、预科、培训班等。大学设有国际奖学金，面向各国的优秀青年招生。由九十年代初的2000多名学生扩大到现在的30000多名在校生（本科生约为18000，研究生约为10000），这些学生除了45%来自巴基斯坦本国外，其他的均是来自世界 52个国家的留学生，男女生的比例分别是80%与20%。随着学生人数的不断增加，大学仅接送教师、学生的校车至今已达40多辆，新建宿舍楼6栋，加上过去修建的宿舍楼共13栋。