水生生物学研究所的历史可以追溯到 1909 年，当时第聂伯河生物站的一座小建筑是欧洲最早的建筑之一，出现在特鲁哈尼夫岛基辅附近的基辅自然爱好者协会。1921年，第聂伯河生物站成为乌克兰苏维埃社会主义共和国科学院的一部分。根据全乌克兰科学院主席团于1934年2月13日的决定，该站被改造成水生生物站。1939年5月，RSFSR科学院会议决定将水生生物站更名为水生生物研究所。创建水生生物学研究所的权威决定是在 1940 年做出的（乌克兰苏维埃社会主义共和国人民委员会1940年5月日第 696号决议，）

在世界实践中，首次制定了确定参考生物成分的方法学原理，并因此形成了一个用于诊断、控制和预测水生生态系统生态状态和生物多样性的综合系统，该系统可以作为新的科学和技术方向形成——“生物指示水生态学”。这项工作基于多年来对各种类型的水生态系统进行基础研究的实际材料，主要是在第聂伯河和多瑙河盆地。

在多层次系统方法的基础上，首次证明监测全球气候变化影响的生物指标既可以是对水环境温度变化敏感的单个指标物种，也可以是不同类型生态系统主要生物群落的结构和功能特征。不同规模和持续时间的气候变化导致水生生物入侵物种物种丰富度及其在水生生态系统中的作用增加。揭示了在异常高温条件下初级生产者的生产过程受到显着抑制。

已经确定了入侵和本地鱼类和无脊椎动物物种对水生环境非生物因素作用的生态和生理适应的特殊性。不同水生生物（蓬图-里海动物群的代表）适应机制的多向性已被揭示。结果表明，水生生物（软体动物和甲壳类动物）的初步适应增加了它们对温度，盐度，有毒物质的压力影响的抵抗力。在具有高适应能力的入侵鱼类中，记录了生理和生化特征以及形态学参数的显着表型变异性，具体取决于其生存条件。

首次提出了不同类型河流功能的新概念模型，并量化了由于浮游流动，漂移和无脊椎动物和鱼类的上升迁徙而导致的物质和能量的主要流动。对于小型低地和山区河流，计算平衡并构建生态系统要素的物质和能量的生物流动方案，同时考虑到不同营养水平的群落。研究了大众鱼类的饮食和营养动态以及这些过程在整体能量平衡中的作用。洪泛区水库作为浮游生物和亲植物群落河流系统中生物多样性保护避难所的积极作用已经确定。

首次开发并测试了水体综合放射生态监测系统，其中包括确定放射性核素在水生生态系统主要组成部分中的分布，估计吸收的辐射剂量率，以及分析慢性辐射效应对水生生物群的细胞遗传学和体细胞效应。提出了高等水生植物、软体动物和鱼类作为放射性核素污染水体生态监测对象的生物指示特征。

乌克兰NAS水生生物学研究所的历史与世界水生生物学研究的发展密不可分，在很大程度上取决于社会对科学提出的复杂问题和任务，如果不对学术机构进行深入的基础理论和实践研究，就不可能解决这些问题。
在该研究所的历史中，可以区分问题的逐步演变，相应的优先研究领域，概念的复杂性，方法论方法以及方法论武器库的扩展的五个阶段。

第一阶段。1909-1939两年期基辅附近主要动物、植物、水生生物、鱼类物质的积累，主要是水体和水道。为将生物站转变为科学院水生生物学研究所创造先决条件。

第二阶段。40-50秒。主要研究问题与天然和人工水库的鱼类生产力研究有关，以满足高价值食品的经济需求。调查了鱼类的食物基础，发展了池塘养殖，采取措施将饲料生物（蓬托-里海）引入第聂伯河水库，以提高其鱼类生产力。与此同时，大陆水体的植物区系和动物研究仍在继续，对乌克兰的各种水体进行了广泛的水化学调查，启动了与有机物质和生物基因污染以及增加水体的盐率有关的卫生和水生生物学研究。在这一阶段，描述性水生生物学研究盛行，由各种情况的专家分别进行。

第三阶段。60-70年代。研究的主要问题是“清洁水”，水质。人口、工业和农业供水的全球问题凸显出来。河流流量的调节、重新分配和转移的时代开始了。供水面临着由于生物障碍（水的“水华”和水工结构的污垢）而导致水质下降的问题。含有各种物质的废水对水体的人为污染有所增加。
在研究所历史的这个阶段，研究变得全面。为了解决这些问题，对第聂伯河及其水库，多瑙河水库进行了多项基础和应用水生生物学研究。火电和核电的发展需要对火力发电厂、核电站、火力发电厂等的冷却储层进行水生生物学研究。该研究所的专家正在采取第一步，在人工水体的设计阶段预测水生生物状况，水质和生物干扰。

第四阶段。80-1991 主要问题是自然和人为因素对水生生态系统影响的环境评估。主要概念是生态系统方法：研究水生生态系统的生物成分与非生物成分的关系。根据OIA（环境影响评估）的原则，制定了预测乌克兰水体生态状况的方法和方法。在制定的原则的基础上，对大型水利工程项目进行了环境评估：多瑙河-第聂伯罗河口综合体、第聂伯河-布格河口重叠、德涅斯特河口重叠等。水生环境的全球污染要求制定生态毒理学方向，并将水化学的重点放在有毒物质的循环上。核能的进一步发展和切尔诺贝利核电站的事故导致放射生态研究的加速发展。

在此期间，总结了 50-70 年代获得的乌克兰主要水体的水生生物学研究。这些概括性结果已成为内审办预测和发展的坚实基础。

第五阶段。1991年至今。克服苏联解体和独立乌克兰成立后过渡时期的经济困难伴随着概念观点的变化。关于乌克兰加入关于保护环境的主要世界公约，生物多样性保护问题是一个主要的地方，研究这个问题需要澄清自然和受干扰生态系统的运作机制。关于乌克兰融入欧洲的愿望，作为欧盟水框架指令2000/60基础的水体生态状况评估的现代原则正在逐步引入水生生物学研究。目前对水生生态系统状况的评估是基于流域原则，生物指标在指示和应用研究原则方面的优先地位，以及参考（未受干扰的、自然的）系统与被评估系统的比较。