哈瓦那医学教学历史的开始可追溯到古巴第一所大学的建立，1726年1月12日，哈瓦那皇家圣耶罗尼莫教皇大学成立，建校之初共有五所学院：医学院，神学院，圣训学院，法律学院和艺术学院。其中医学课程被分为四个部分：生理学、病理学、解剖学和治疗学，所有课程内容都参照拉丁文课本和一些经典医学著作，诸如阿维森纳医典、希波克拉底格言等。直到1790年，在托马斯·罗迈医生、何塞·奥古斯丁神父和卡巴列罗等人以及古巴爱国主义协会的共同努力下，医学院的课程中引进了新的学科，譬如植物学、实践解剖学和临床医学。并且陆续开展临床治疗、妇产科和外科学科的实践和实习活动。

1842年，大学实行政教分离，对其课程进行了根本性改革，这在当时被视为很大的学术进步。医学院的课程的种类逐步扩大：理论和实践解剖学、生理学、治疗学和营养学、病理学、临床医学、外科学、病理解剖学、儿科、妇科以及相关手术和术后护理等，在七年医学学制中共开设21门课程，在1863年医学生的本科培养教育被缩短到六年。在恩里克·何塞·瓦罗纳（Enrique José Varona）的指导下，发起了“瓦罗纳计划”，旨在使该大学更加符合国家的要求。该计划有利于医学院的发展，不仅丰富了教学模式之外，还使该学院的教授和学生数量大大增加。自1903年以来，第一医院就开始了教学活动，也就是现在的卡利克斯托·加西亚综合医院（General Calixto García）。1940年，专门为医学研究而建造的建筑物即Angel Arturo Aballí大楼落成。1945年1月6日，为了口腔科科学院而专门建造了一栋大楼，后来更名为口腔医学院。