蒙古国防大学共有6个下属军事院校：国防研究所、国防管理学院、通用军事学校、军事音乐学院、军事教育学院和士官学校。开设有13个军事学科和11个民用学科专业，可授予博士、硕士和学士学位。其中国防研究所是专门研究国家防务问题的学术机构，有防务政策研究、军事科学理论、军事历史、军民关系和科学实验等研究中心(室)，研究员中有博士学位的占35%左右，有硕士学位的占60%。为适应世界形势的变化和新军事变革需要，蒙古国防大学还非常重视对外交往，与俄、美、德、日、英、韩和土耳其等国军事院校开展互派留学生或学术交流活动。